ログインしたらサイドメニューから「ドメイン設定」を選択。

ドメイン一覧が表示されるので、「新しいドメインを追加」を選択。

メニューの中に「他社で取得したドメインを移管せずに使う」があるので、
「ドメインの追加へ進む」を選択。

使いたいドメイン名を入力して「送信する」クリック。

ドメイン側でもネームサーバーをさくらサーバーに向ける作業は必要ですが、
ここでは解説は省略します。

下記でお名前ドットコムを例に挙げてNS変更手順を紹介していますので
わからない場合はこれを参考にしてみてください。

記事リンク

確認画面が出るので、問題なければ確定します。

これでドメインの追加は完了したので、「詳細設定にすすむ」で先に進みます。

１の設定は「マルチドメインとして使用する」を選択します。

２のマルチドメインの対象のフォルダは「/」の後に追加したドメインを入力します。

それ以外の項目はイジらなくてOKです。

これでドメインの追加と設定は完了です。

マルチドメインの対象のフォルダを作成しておく必要があるので、
FFFTPやファイルジラなどで、契約したさくらサーバーにログインします。

「www」のすぐ下に新規でディレクトリを作成します。

作成するディレクトリネームは追加したドメイン名です。
（「aaa.com」を追加した場合はそのまま「aaa.com」で作成）

このように「www」の下にドメイン名のディレクトリができていればOKです。

1つのドメインで1つのサーバーが理想ですが、
もし費用面などで複数のドメインを１つのサーバーで利用する場合は、
同様の手順で「独自ドメインを追加」→「サーバーにディレクトリ作成」です。

ここからは余談です。

ドメインのディレクトリを作成した時に、ファイルパスを指定しておくと、
次回からいきなりそのディレクトリ内を表示できるので便利です。

１つ前のリモートサイトの横のパスをコピーして、
設定画面の詳細タブから貼り付けるだけでOKです。

（画像はファイルジラを使用した場合です）

以上です。